用土工布隔离是防止相邻的异质土壤和填充料的相互混合，在水利工程中常将土工布用于把两种不同粒径的土、砂、石料与地基或其他建筑材料隔离开来，以免相互混杂，失去各种材料和结构的完整性，或发生土粒流失现象。

土工布和土工膜都可以起隔离作用。如在水中（江、河、湖、海）抛填土石方之前，先将土工织物铺放在水下，起隔离作用，也可起反滤加固作用；在人行便道混凝土板，有时也铺放土工织物作为隔离层等。 如浆砌石挡土墙背后反滤料与回填土之间采用土工布起到隔离作用，避免了反滤材料与土料混杂，起到了很好的隔离效果，也避免了反滤料堵塞排水管，同时对反滤也起到一定辅助作用。

正因为土工布的隔离作用好，而被广泛应用于人工填土、堆石或材料场与地基的隔离层，不同冻土层之间的隔离。